پس از دستگیری امام خمینی در جریان نهضت پانزده خرداد ۱۳۴۲، اعتراضهای گوناگونی در گوشه و کنار کشور علیه این اقدام حکومت وقت به وقوع پیوست. با آغاز سال تحصیلی جدید حوزههای علمیه و ادامۀ بازداشت امام خمینی، علما و فضلای حوزه بر آن شدند که نامهای سرگشاده خطاب به هیئت دولت بنویسند و در آن به اقدامهای حکومتی در سرکوب، دستگیری و تبعید علمای شناخته شدۀ روز اعتراض کنند و خواستار توقف این حرکتها و آزادی امام خمینی شوند. نام شهید شاهآبادی، که در این سال ۳۳ساله بود، در ذیل امضاکنندگان این نامه، در کنار استادان برجسته و فضلای وقت حوزۀ علمیۀ قم دیده میشود.